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1952 in Leipzig. Während des Ersten Weltkriegs, in dem er zum Chefarzt und zum Kommandeur einer Sanitätskompanie aufstieg, verlor er infolge einer Sepsis seinen rechten Arm, was die weitere Tätigkeit als Chirurg unmöglich machte. Walter von Brunn wechselte nun ins Fach Geschichte der Medizin und wurde 1919 bei Karl Sudhoff, dem bedeutendsten Medizinhistoriker seiner Zeit, mit der Arbeit "Die Stellung des Guy de Chauliac in der Chirurgie des Mittelalters in Rostock habilitiert". Von 1920 bis 1934 war er hauptamtlicher Stadtschularzt an der Hochschule für Lehrerbildung in Rostock, wo er zugleich bis 1924 als Privatdozent, dann bis 1934 als außerordentlicher Professor wirkte. 1934 erfolgte die Berufung an das von Karl Sudhoff gegründete Institut für Medizingeschichte auf den Lehrstuhl für Geschichte der Medizin der Universität Leipzig, den er als Nachfolger von Henry E. Sigerist bis zu seinem Tod 1952 innehatte. Zugleich war er von 1934 bis 1950 Direktor des Karl-Sudhoff-Instituts für Geschichte der Medizin und der Naturwissenschaften in Leipzig, das auf eine 1937 gemachte Anregung von Brunns 1938 nach Karl Sudhoff benannt wurde. Bereits ab 1930 war er korrespondierendes Mitglied der Königlich-Ungarischen Gesellschaft der Ärzte in Budapest. 1935 wurde er Mitglied der Deutschen Akademie der Naturforscher Leopoldina, deren Vizepräsident er von 1947 bis 1951 war. 1936 übernahm er die Redaktion von Sudhoffs Archiv. Im Jahr 1941 erhielt er die Sudhoff-Plakette der Deutschen Gesellschaft für Geschichte der Medizin, Naturwissenschaft und Technik. 1951 wurde er zudem Ehrenmitglied der Chirurgisch-medizinischen Gesellschaft und der Deutschen Vereinigung für Geschichte der Medizin. Seine 1928 publizierte Kurze Geschichte der Chirurgie ist ein Standardwerk der Chirurgiegeschichte. Gestützt auf Arbeiten Karl Sudhoffs und fachgeschichtlich orientiert, ging er darin von einer nicht in jedem Fall belegbaren stetigen Weiterentwicklung des chirurgischen Wissens seit dem 12. Jahrhundert aus.