Knut Eckener ist der Sohn des LZ-Direktors und Luftschiffkommandanten Hugo Eckener (1868-1954).
Er wuchs in Friedrichshafen auf und besuchte dort das Gymnasium. Nach der Reifeprüfung studierte er an der Technischen Hochschule in München. Im Jahre 1928 trat er als Dipl.-Ingenieur für den Geschäftsbereich Bau- und Fahrtbetrieb in den Luftschiffbau Zeppelin (LZ) ein. Ein Jahr später wurde er als Konstruktionsingenieur für die Goodyear Zeppelin Corporation nach Akron (Ohio, USA) verpflichtet. Dort arbeitete er an der Fertigstellung der für die amerikanische Marine bestimmten beiden Luftschiffe Z.R. 4 und Z.R.5 mit, kehrte aber schnell wieder zurück nach Deutschland.
Einer breiteren Offentlichkeit wurde er durch seiunen wagemutigen Einsatz bei der 1. Nordamerikafahrt des Luftschiffes LZ 127 - GRAF ZEPPELIN im Oktober 1928 bekannt. Bei der Durchfahrt einer starken Regenfront mit starken Windböen zerriss über dem Nordatlantik ein Teil der Außenhülle und blockierte die Steuerruder. In einem mehrstündigen Einsatz wurde der Schaden behoben und die Löcher teilweise mit Zoeppritz-Wolldecken aus der Bordausstattung der Passagierkabinen geflickt.
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