Johanna Magdalena war eine Tochter von Herzog Johann Georg und seiner Ehefrau Friederike, einer geborenen von Sachsen-Eisenach. Mit 22 Jahren heiratete sie den schon 75jährigen Ferdinand von Kurland. Nach seinem Tod 1737 musste Johanna Magdalena zurück nach Weißenfels. Sie übersiedelte kurze Zeit später nach Leipzig. Es bestand eine enge Beziehung zum letzten Herzog Johann Adolph II.